本會初名「台中縣藥劑師公會」，於民國35年03月18日成立，其時仍在「台灣省」時期，行政區域尚未重劃，範圍涵括彰化縣與南投縣，成立宗旨：「本會以聯絡會員感情，增新藥學學術，製藥技術、發展藥界事業、或協助政府推行政令，維護會員利益為宗旨。」會員人數281人，同時召開會員大會，選出首屆理事長邱西東，是年03月30日經台中縣政府核准立案，證書文號：府自字第二八號。
民國68年立法院三讀通過『藥師法』，是年6月6日「台中縣藥劑師公會」正名為「台中縣藥師公會」，台中縣政府改頒人民團體立案證書：府孟社自字第六號。
公會早期囿於會員人數及經費不足，與台中縣藥劑生公會、西藥公會共用辦公處所。
第14屆理監事會決議另覓新址辦公，獨自聘任會務人員。
第18屆理監事會決議購置會館，旋於民國85年7月購置豐原區圓環東路569號2樓之房舍一處以為會館。
民國93年11月第22屆趙正睿理事長任內「台中縣藥師公會」正式遷入會館辦公。
民國99年五都六縣市行政區合併，地方公會亦面臨合併問題，102年3月7日全聯會召開「五都合併之六縣市藥師公會會員權益細節共識協商會議」，經六縣市藥師公會最後的協商，達成不隨行政區合併的共識，「台中縣藥師公會」遂決議更名為「台中市新藥師公會」，並於106年3月25日第26屆邱建強理事長任內，舉行「臺中市新藥師公會」會館更名揭牌典禮。
民國107年1月14日經由會員代表大會表決通過，成立「社團法人臺中市新藥師公會」，邱建強時任第26屆理事長。
民國109年12月5日，第27屆第一次臨時會員代表大會鑒於原有會館空間與設備已不敷會務之用，為利永續經營及服務會員，決議通過購置新會館。
民國110年11月27日，位於台中市西屯區台灣大道四段839號13樓之「社團法人臺中市新藥師公會」新會館落成啟用。
民國112年第28屆謝永宏理事長任內舉辦會徽設計徵稿及票選活動，並於112年1月15日會員大會公布會徽。